В начале изучения этого обширного моря всевозможеых тематических коллекций софта мне бы хотелось привести ссылку на одну великолепную коллекцию научного софта. Называется "SAL - Scientific Applications on Linux", О теме коллекции название говорит само за себя. Находится она тут: http://www.sai.msu.su/sal/sal1.shtml. Бльшая коллекция, ссылки снабжены аннотациями, есть поисковая система.